Universitas Atma Jaya Makassar sebagai lembaga pendidikan tinggi yang dikelola oleh Yayasan Perguruan Tinggi Atma Jaya, didirikan dengan Akte Notaris Joost Dumanauw No. 17 tanggal 9 Juni 1980 (yang kemudian diperbaharui dengan akte Notaris Sitske Limowa No. 69 tanggal 14 februari 1985). Dengan dasar ini Panitia Pendiri Universitas Atma Jaya Makassar yang dikoordinasikan oleh Prof. Dr. C. Salombe dan Prof. Teng Tjin Leng melakukan persiapan dan upaya perwujudan pendirian Universitas Atma Jaya Makassar. berkat kerja keras Panitia, dan restu Wali Gereja KAUP Makassar, Mgr. Dr. Frans van Roessel serta dukungan berbagai pihak termasuk Pemerintah Daerah, Universitas Atma Jaya Makassar mulai tahun akademik 1981/1982, berdasarkan Surat Koordinator Kopertis Wilayah VII No. 085/1981 tanggal 14 Juli 1981, memulai kegiatan akademiknya.

Fakultas sebagai berikut :

  1. Fakultas Ekonomi dan Bisnis
    a. Program Studi Akuntansi
    b. Program Studi Manajemen
    c. Magister (S2) Akuntansi
  2. Fakultas Hukum
    a. Program Studi Ilmu Hukum
  3. Fakultas Teknik
    a. Program Studi Teknik Elektro
    b. Program Studi Teknik Mesin
    c. Program Studi Teknik Sipil
  4. Fakultas Teknologi Informasi
    a. Program Studi Teknik Informatika
    b. Program Studi Sistem Informasi
  5. Fakultas Psikologi
    a. Program Studi Psikologi

Sejak berdirinya Universitas Atma Jaya Makassar telah dipimpin oleh:
1. Prof. Mr. Teng Tjing Leng
2. Letkol. Dr. S. J. Jobs
3. Drs. Lucas Paliling, Lic.
4. Prof. Eduard Frans Likardja, SH.
5. Dr. Piet Timang, Pr
6. Dr. Alex Paat, Lic. Ed.
7. Prof. Dr. Ir. Tjodi Harlim
8. Rafael Tunggu, SH.,MS.
9. Drs. Felix Layadi, Lic. Th.
10. Ferdinandus Sampe, S.E., M.Bus., Ph.D.
11. Dr. Wihalminus Sombo Layuk, S.E.,M.Si